Receptor
PDB id Resolution Class Description Source Keywords
3RSJ 2 Å NON-ENZYME: SIGNAL_HORMONE STRUCTURE OF HCRF IN COMPLEX WITH GANGLIOSIDE GD1A CLOSTRIDIUM BOTULINUM CLOSTRIDIUM BOTULINUM TYPE F GANGLIOSIDE BINDING SITE GD1A
Ref.: UNIQUE GANGLIOSIDE RECOGNITION STRATEGIES FOR CLOST NEUROTOXINS. J.BIOL.CHEM. V. 286 34015 2011
Ligand
Ligand Chain:Residue Validity Ligand Warnings Binding Data NGL Viewer Molecular Weight (Da) Formula SMILES
GAL NGA GAL SIA G:1;
 Valid;
 none;
 submit data
835.739 n/a O=C(N...
GAL SIA NGA GAL SIA F:1;
 Valid;
 none;
 submit data
1125.99 n/a O=C(N...
NGA GAL SIA H:1;
E:1;
 Valid;
Valid;
 none;
none;
 submit data
671.582 n/a O=C(N...
View in 3D viewer
90% Homology Family
Leader
PDB id Resolution Class Description Source Keywords
3RSJ 2 Å NON-ENZYME: SIGNAL_HORMONE STRUCTURE OF HCRF IN COMPLEX WITH GANGLIOSIDE GD1A CLOSTRIDIUM BOTULINUM CLOSTRIDIUM BOTULINUM TYPE F GANGLIOSIDE BINDING SITE GD1A
Ref.: UNIQUE GANGLIOSIDE RECOGNITION STRATEGIES FOR CLOST NEUROTOXINS. J.BIOL.CHEM. V. 286 34015 2011
Members (1)
No: PDB id Binding Data Representative ligand Formula Smiles
The Class containing this family consists of a total of 289 families.
1 3RSJ - GAL SIA NGA GAL SIA n/a n/a
70% Homology Family (1)
No: PDB id Binding Data Representative ligand Formula Smiles
The Class containing this family consists of a total of 214 families.
1 3RSJ - GAL SIA NGA GAL SIA n/a n/a
50% Homology Family (8)
No: PDB id Binding Data Representative ligand Formula Smiles
The Class containing this family consists of a total of 5 families.
1 1YXW - TYR GLU TRP n/a n/a
2 3HN1 - SIA SIA n/a n/a
3 1DIW - GAL C6 H12 O6 C([C@@H]1[....
4 5TPC Kd = 1 mM GAL SIA NGA GAL SIA n/a n/a
5 2VU9 - BGC GAL SIA NGA GAL SIA n/a n/a
6 3R4S - SLB C11 H19 N O9 CC(=O)N[C@....
7 3OBT - SLB C11 H19 N O9 CC(=O)N[C@....
8 3RSJ - GAL SIA NGA GAL SIA n/a n/a
Polypharmacology
Similar Ligands (2D)
Ligand no: 1; Ligand: GAL NGA GAL SIA; Similar ligands found: 68
No: Ligand ECFP6 Tc MDL keys Tc
1 GAL NGA GAL SIA 1 1
2 BGC GAL SIA NGA GAL SIA 0.895238 1
3 BGC GAL GLA NGA GAL SIA 0.886792 1
4 GAL NGA GAL SIA SIA 0.87156 0.981132
5 GAL SIA NGA GAL SIA 0.826923 1
6 BGC GAL SIA NGA GAL 0.818182 1
7 BGC GAL SIA SIA 0.781818 0.981132
8 GLC GAL NGC 0.769231 0.924528
9 A2G GAL SIA 0.757282 1
10 NAG GAL SIA 0.75 1
11 SIA GAL NGA GAL 0.743119 1
12 GAL SIA NGA GAL SIA SIA 0.735043 0.981132
13 BGC GAL SIA NGA GAL FUC 0.715447 1
14 BGC GAL SIA NAG 0.710526 1
15 NAG GAL SIA SIA 0.690265 0.981132
16 NAG GAL NGC 0.6875 0.962264
17 NGA GAL SIA 0.684685 0.980769
18 GAL SIA NGA GAL 0.681416 0.981132
19 GAL NAG FUC GAL SIA 0.666667 1
20 NAG FUC GAL SIA 0.65812 1
21 NGS GAL SIA 0.655172 0.787879
22 BGC GAL SIA 0.648649 0.943396
23 NDG GAL SIA SIA 0.646552 0.945455
24 MAG FUC GAL SIA 0.644068 0.962264
25 BGC GAL SIA NGA SIA 0.632812 0.981132
26 BGC GAL NAG GAL SIA 0.629032 0.981132
27 NGA POL GAL NGC AZI 0.626016 0.784615
28 GAL SIA NGA 0.619469 1
29 BGC CEQ GAL SLB NGA GAL SIA SIA 0.615942 0.83871
30 Z3Q GAL 5N6 0.609756 0.83871
31 NAG 2FG SIA 0.594828 0.928571
32 2FG SIA 0.59434 0.892857
33 NGS FUC GLA SIA 0.59375 0.787879
34 NAG GAL PKM 0.59322 0.981132
35 GAL 5N6 0.587156 0.962264
36 GAL NAG GAL SIA 0.583333 0.981132
37 GAL SIA SIA 0.578947 0.981132
38 MBG NGC 0.568807 0.907407
39 BGC 16C GAL SIA 0.553191 0.83871
40 NAG GAL NAG GAL SIA 0.546154 0.981132
41 BGC 18C GAL SIA 0.534722 0.83871
42 BGC 18C GAL SIA NGA GAL 0.525641 0.83871
43 BGC GAL NAG GAL 0.518868 0.865385
44 BGC GAL NGA GAL 0.514286 0.865385
45 BGC GAL GLA NGA GAL 0.5 0.865385
46 NAG GAL 5N6 0.492188 0.962963
47 GAL SIA 0.468468 0.924528
48 SIA CMO 0.465347 0.87037
49 CEQ BGC NGA GAL SIA SIA 0.460526 0.8
50 BGC GAL NAG GAL FUC 0.45 0.884615
51 BGC GAL NAG 0.445455 0.865385
52 GLC GAL NAG GAL FUC GLA 0.432 0.884615
53 BGC GAL GLA NGA 0.426087 0.865385
54 NAG SIA 0.420168 0.910714
55 GAL 1GN BGC ACY GAL 1GN BGC ACY GAL 6PZ 0.418919 0.945455
56 GLC GAL NAG GAL FUC A2G 0.415385 0.942308
57 C4W NAG FUC BMA MAN NAG GAL SIA 0.415094 0.852459
58 MAN NAG PO4 NGA PO4 0.413793 0.87931
59 MNA 0.413462 0.851852
60 SIA SIA 0.410256 0.962264
61 BGC GAL NGA 0.409091 0.865385
62 C4W NAG FUC BMA MAN MAN NAG GAL SIA NAG 0.408284 0.852459
63 SLB SIA SIA SIA SIA 0.40678 0.962264
64 SLB SIA SIA 0.40678 0.962264
65 SIA SIA SIA SIA SIA SIA SIA 0.40678 0.962264
66 SLB SIA SIA SIA 0.40678 0.962264
67 SIA SIA SIA 0.401639 0.962264
68 BGC GAL NAG GAL FUC FUC 0.401575 0.903846
Ligand no: 2; Ligand: GAL SIA NGA GAL SIA; Similar ligands found: 58
No: Ligand ECFP6 Tc MDL keys Tc
1 GAL SIA NGA GAL SIA 1 1
2 SIA GAL NGA GAL 0.881188 1
3 GAL SIA NGA GAL SIA SIA 0.87963 0.981132
4 BGC GAL SIA NGA GAL SIA 0.842593 1
5 GAL NGA GAL SIA 0.826923 1
6 BGC GAL GLA NGA GAL SIA 0.769912 1
7 BGC GAL SIA NGA GAL 0.769912 1
8 GAL SIA NGA 0.759615 1
9 A2G GAL SIA 0.757282 1
10 GAL NGA GAL SIA SIA 0.74359 0.981132
11 NAG GAL SIA 0.716981 1
12 GAL SIA NGA GAL 0.696429 0.981132
13 GAL NAG FUC GAL SIA 0.694915 1
14 NAG GAL SIA SIA 0.690265 0.981132
15 NAG FUC GAL SIA 0.686957 1
16 NGA GAL SIA 0.684685 0.980769
17 BGC GAL SIA SIA 0.675214 0.981132
18 BGC GAL SIA NGA GAL FUC 0.674603 1
19 BGC GAL SIA NAG 0.666667 1
20 BGC CEQ GAL SLB NGA GAL SIA SIA 0.664179 0.83871
21 MAG FUC GAL SIA 0.65812 0.962264
22 NAG GAL NGC 0.657895 0.962264
23 NDG GAL SIA SIA 0.646552 0.945455
24 GLC GAL NGC 0.642857 0.924528
25 NGS GAL SIA 0.641026 0.787879
26 NGA POL GAL NGC AZI 0.626016 0.784615
27 BGC GAL SIA NGA SIA 0.607692 0.981132
28 GAL SIA SIA 0.607143 0.981132
29 NGS FUC GLA SIA 0.606299 0.787879
30 GAL 5N6 0.601852 0.962264
31 Z3Q GAL 5N6 0.596774 0.83871
32 NAG 2FG SIA 0.594828 0.928571
33 2FG SIA 0.59434 0.892857
34 GAL NAG GAL SIA 0.583333 0.981132
35 NAG GAL PKM 0.579832 0.981132
36 MBG NGC 0.568807 0.907407
37 BGC 18C GAL SIA NGA GAL 0.545455 0.83871
38 BGC GAL SIA 0.537815 0.943396
39 BGC GAL NAG GAL SIA 0.530303 0.981132
40 BGC 16C GAL SIA 0.520833 0.83871
41 BGC 18C GAL SIA 0.513699 0.83871
42 NAG GAL NAG GAL SIA 0.511278 0.981132
43 CEQ BGC NGA GAL SIA SIA 0.489933 0.8
44 GAL SIA 0.468468 0.924528
45 SIA CMO 0.465347 0.87037
46 NAG GAL 5N6 0.458015 0.962963
47 GAL 1GN BGC ACY GAL 1GN BGC ACY GAL 6PZ 0.438356 0.945455
48 SIA SIA 0.422414 0.962264
49 NAG SIA 0.420168 0.910714
50 SLB SIA SIA SIA 0.418803 0.962264
51 SIA SIA SIA SIA SIA SIA SIA 0.418803 0.962264
52 SLB SIA SIA SIA SIA 0.418803 0.962264
53 SLB SIA SIA 0.418803 0.962264
54 MNA 0.413462 0.851852
55 SIA SIA SIA 0.413223 0.962264
56 BGC GAL NAG GAL 0.412281 0.865385
57 BGC GAL GLA NGA GAL 0.410256 0.865385
58 BGC GAL NGA GAL 0.40708 0.865385
Ligand no: 3; Ligand: NGA GAL SIA; Similar ligands found: 54
No: Ligand ECFP6 Tc MDL keys Tc
1 NGA GAL SIA 1 1
2 A2G GAL SIA 0.816327 0.980769
3 NAG GAL SIA SIA 0.740741 0.962264
4 NAG GAL SIA 0.721154 0.980769
5 GAL NGA GAL SIA 0.684685 0.980769
6 GAL SIA NGA GAL SIA 0.684685 0.980769
7 NAG FUC GAL SIA 0.675439 0.980769
8 NAG GAL NGC 0.660714 0.943396
9 NGS GAL SIA 0.657895 0.772727
10 NAG 2FG SIA 0.63964 0.910714
11 BGC GAL SIA SIA 0.635593 0.962264
12 NDG GAL SIA SIA 0.634783 0.927273
13 BGC GAL SIA NGA GAL SIA 0.633333 0.980769
14 BGC GAL GLA NGA GAL SIA 0.628099 0.980769
15 GAL SIA NGA GAL SIA SIA 0.626016 0.962264
16 GAL NGA GAL SIA SIA 0.620968 0.962264
17 NGS FUC GLA SIA 0.620968 0.772727
18 MAG FUC GAL SIA 0.618644 0.980769
19 GLC GAL NGC 0.60177 0.90566
20 GAL NAG FUC GAL SIA 0.601626 0.980769
21 NGA POL GAL NGC AZI 0.601626 0.769231
22 SIA GAL NGA GAL 0.598291 0.980769
23 2FG SIA 0.596154 0.875
24 GAL 5N6 0.588785 0.943396
25 Z3Q GAL 5N6 0.585366 0.822581
26 MBG NGC 0.584906 0.924528
27 GAL SIA NGA GAL 0.584746 0.962264
28 GAL SIA SIA 0.580357 0.962264
29 BGC GAL SIA NGA GAL 0.576 0.980769
30 NAG GAL PKM 0.567797 0.962264
31 BGC 16C GAL SIA 0.553957 0.822581
32 GAL SIA NGA 0.551724 0.980769
33 BGC 18C GAL SIA 0.546099 0.822581
34 BGC GAL SIA NAG 0.536 0.980769
35 BGC CEQ GAL SLB NGA GAL SIA SIA 0.527778 0.822581
36 GAL NAG GAL SIA 0.508065 0.962264
37 BGC GAL SIA NGA GAL FUC 0.507246 0.980769
38 BGC GAL SIA NGA SIA 0.492754 0.962264
39 NAG GAL NAG GAL SIA 0.488722 0.962264
40 BGC GAL SIA 0.487603 0.924528
41 SIA CMO 0.479592 0.886792
42 BGC GAL NAG GAL SIA 0.474074 0.962264
43 BGC 18C GAL SIA NGA GAL 0.46875 0.822581
44 NAG GAL 5N6 0.457364 0.944444
45 GAL SIA 0.454545 0.90566
46 SIA SIA 0.446429 0.980769
47 SLB SIA SIA SIA 0.442478 0.980769
48 SLB SIA SIA 0.442478 0.980769
49 SLB SIA SIA SIA SIA 0.442478 0.980769
50 SIA SIA SIA SIA SIA SIA SIA 0.442478 0.980769
51 CEQ BGC NGA GAL SIA SIA 0.440789 0.784615
52 MNA 0.425743 0.867925
53 SIA SIA SIA 0.423729 0.980769
54 NAG SIA 0.40678 0.892857
Similar Ligands (3D)
Ligand no: 1; Ligand: GAL NGA GAL SIA; Similar ligands found: 0
No: Ligand Similarity coefficient
Ligand no: 2; Ligand: GAL SIA NGA GAL SIA; Similar ligands found: 0
No: Ligand Similarity coefficient
Ligand no: 3; Ligand: NGA GAL SIA; Similar ligands found: 1
No: Ligand Similarity coefficient
1 GLC GAL SIA 0.8915
Similar Binding Sites (Proteins are less than 50% similar to leader)
Pocket No.: 1; Query (leader) PDB : 3RSJ; Ligand: NGA GAL SIA; Similar sites found with APoc: No similar binding sites found, or similarity not calculated due to duplicate pocket.
This union binding pocket(no: 1) in the query (biounit: 3rsj.bio4) has 10 residues
No: Leader PDB Ligand Sequence Similarity
APoc FAQ
Feedback