Receptor
PDB id Resolution Class Description Source Keywords
5JLG 1.79 Å EC: 3.1.27.5 THE X-RAY STRUCTURE OF THE ADDUCT FORMED IN THE REACTION BET BOVINE PANCREATIC RIBONUCLEASE AND COMPOUND I, A PIANO-STOOO RGANOMETALLIC RU(II) ARENE COMPOUND CONTAINING AN O,S-CHELLI GAND BOS TAURUS RUTHENATED PROTEIN PROTEIN-RU COMPOUND ADDUCTS HYDROLASE STOOL ORGANOMETALLIC RU(II) ARENE COMPOUNDS
Ref.: UNUSUAL MODE OF PROTEIN BINDING BY A CYTOTOXIC PI-A RUTHENIUM(II) PIANO-STOOL COMPOUND CONTAINING AN O,S-CHELATING LIGAND. DALTON TRANS V. 45 12283 2016
Ligand
Ligand Chain:Residue Validity Ligand Warnings Binding Data NGL Viewer Molecular Weight (Da) Formula SMILES
6L6 A:202;
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226.315 C10 H10 O2 S2 CSC(=...
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78.133 C2 H6 O S CS(=O...
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101.07 Ru [Ru+3...
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90% Homology Family
Leader
PDB id Resolution Class Description Source Keywords
1U1B 2 Å EC: 3.1.27.5 STRUCTURE OF BOVINE PANCREATIC RIBONUCLEASE A IN COMPLEX WIT PHOSPHOTHYMIDINE (3'-5')-PYROPHOSPHATE ADENOSINE 3'-PHOSPHA BOS TAURUS HYDROLASE RIBONUCLEASE ENDONUCLEASE NUCLEOTIDE INHIBITOR
Ref.: CONSERVATION OF MUS-MS ENZYME MOTIONS IN THE APO- A SUBSTRATE-MIMICKED STATE. J.AM.CHEM.SOC. V. 127 9167 2005
Members (65)
No: PDB id Binding Data Representative ligand Formula Smiles
The Class containing this family consists of a total of 5 families.
1 1Z6D Ki = 4.6 mM IMP C10 H13 N4 O8 P c1nc2c(n1[....
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70% Homology Family (75)
No: PDB id Binding Data Representative ligand Formula Smiles
The Class containing this family consists of a total of 4 families.
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50% Homology Family (77)
No: PDB id Binding Data Representative ligand Formula Smiles
The Class containing this family consists of a total of 4 families.
1 1Z6D Ki = 4.6 mM IMP C10 H13 N4 O8 P c1nc2c(n1[....
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27 1RNM - C5P C9 H14 N3 O8 P C1=CN(C(=O....
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46 3RID - CGP C19 H25 N8 O10 P c1nc2c(n1[....
47 1RPG - CPA C19 H25 N8 O9 P c1nc(c2c(n....
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56 5NA9 - QPT C6 H12 N2 O4 Pt C1CC2(C1)C....
57 1F0V - DC DG n/a n/a
58 2W5L Ki = 63 uM NAP C21 H28 N7 O17 P3 c1cc(c[n+]....
59 1RUV - UVC C9 H12 N2 O9 V C1=CN(C(=O....
60 1Z6S Ki = 63 uM AMP C10 H14 N5 O7 P c1nc(c2c(n....
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65 5JLG - RU Ru [Ru+3]
66 11BA - UPA C19 H24 N7 O12 P c1nc(c2c(n....
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70 3DJV Ki = 27.9 uM C3P C9 H14 N3 O8 P C1=CN(C(=O....
71 1R5C - CPA C19 H25 N8 O9 P c1nc(c2c(n....
72 3DJQ Ki = 1046.4 uM UDP C9 H14 N2 O12 P2 C1=CN(C(=O....
73 3DJP Ki = 63.2 uM UA3 C9 H13 N2 O9 P C1=CN(C(=O....
74 3DJX Ki = 1557 uM C5P C9 H14 N3 O8 P C1=CN(C(=O....
75 11BG - U2G C19 H24 N7 O13 P c1nc2c(n1[....
76 5ARK - UMP C9 H13 N2 O8 P C1[C@@H]([....
77 2RNF - UM3 C9 H13 N2 O8 P C1[C@@H]([....
Polypharmacology
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1 6L6 1 1
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No: Ligand ECFP6 Tc MDL keys Tc
1 RU 1 1
Similar Binding Sites (Proteins are less than 50% similar to leader)
Pocket No.: 1; Query (leader) PDB : 1U1B; Ligand: PAX; Similar sites found with APoc: No similar binding sites found, or similarity not calculated due to duplicate pocket.
This union binding pocket(no: 1) in the query (biounit: 1u1b.bio2) has 76 residues
No: Leader PDB Ligand Sequence Similarity
Pocket No.: 2; Query (leader) PDB : 1U1B; Ligand: PAX; Similar sites found with APoc: 1
This union binding pocket(no: 2) in the query (biounit: 1u1b.bio1) has 69 residues
No: Leader PDB Ligand Sequence Similarity
1 2GMK AMP 40.3846
APoc FAQ
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